Damit sich WIA-Loader die Import-Vorgänge dauerhaft merkt, muss im Import-Schritt der Haken bei ‚Vorgang in Datenbank speichern‘ gesetzt sein. Dann sollte es auch kein Problem sein, wenn man die Ordner nachher umbenennt. Ich werde das nachher selbst mal austesten.
Die Profile befinden sich eigenlich nur im Programmordner, also dort wo WIA-Loader installiert wurde, im Unterordner SampleProfiles, und im ordner der für Einstellungen benutzt wird. Wenn man sie dort überall löscht, sollten sie eigentlich nicht wieder kommen.