Nein, das ist nicht gewollt. Bin auch gerade noch am Untersuchen, warum das passiert. Das Problem ist, dass der alte Einstellungsordner in der neuen Version manchmal ’nicht mehr bekannt‘ ist, und die neue Version dann garnicht erst versucht, irgendwelche Einstellungen zu Übernehmen. Du kannst das manuell nachholen. Wenn du WIA-Loader gestartet hast, lass dir über das Menü Extras den Ordner für die Einstellungen öffnen. Von diesem Ordner aus, gehst du eine ‚Etage‘ zurück, und findest dort einen oder mehrere weitere Unterordner der verschiedenen Versionen von WIA-Loader. In dem Ordner, der deiner zuletzt installierten Version entspricht, findest du alle deine Profile, die kannst du dann einfach per Copy & paste in den neuen Ordner kopieren.
